HTML5のAPIの1つであるWebGLは、Webブラウザ上でプラグインなどのインストールなしで3D表現を行える技術です。

Three.jsとはWebGLをJavaScriptから操作するためのライブラリです。無償でオープンソースです。他にもA-frameやBabylon.jsやAway3D、CubicVR.jsといったライブラリもありますが、最近ではWebGLを使って3D表現をする際にはThree.jsを使うことがデファクトスタンダードになりつつある印象です。

Web制作などではjQueryがデファクトスタンダードになっていますが、それに近い関係だと思います。